报告说，从1985年中国发现首例艾滋病患者到2002年底，中国全国累计报告艾滋病病毒感染者已达4万多例，其中患者2639例，死亡1047例。世界卫生组织将中国艾滋病病毒感染者数排在亚洲第2位，全球第14位。报告同时指出，目前在中国，通过母婴传播、吸毒传播和卖淫嫖娼等不安全性行为传播的情况相当严重。

同时，中国鼠疫疫源地范围不断扩大，在过去的十二年间增加了一倍，二十世纪九十年代以来，中国共发生人间鼠疫七百八十六例，死亡六十例；一九九八年中国报告鼠疫病例一点二万多例，波及二十七个省、自治区、直辖市。

报告指出，二○○二年中国报告新发肺结核患者五十八万多例，每年新发生的耐药结核病患者人数约占全世界的四分之一。另外，血吸虫病等地方疾病防治也面临新挑战。