同治元年至同治三年(1862--1864年)，疫病泛滥，全国有很多地方连续发生大疫流传。这段时间以江苏、浙江、安徽数省疫情最为严重，而且发病持续时间最长。

安徽瘟疫

早在咸丰十一年，安徽就水旱灾害不断，并发生了严重的疫疾由于秋作物收不上来，土地荒芜，“饥荒不堪设想”，在皖南甚至出现了人食人的惨像。尤为雪上加霜的是，同治元年夏季以后，在安徽境内发生了蔓延极广的瘟疫。湘军将领甘晋在这年八月致曾国藩信中报告说，湘军占领宁国(治今宣城)后，“暑疫大作”，染疫死去的士兵十之二三，患病卧床的十之三四，能够出列做操的不到总人数的四成。清军加上平民瘟疫去世的有二三万人。看看城内走在路上的人，一个个面带病容，十人中仅一二人是健康的。城内外五六里，人死后留下的臭气简直不能忍受，一些路上还有没掩埋的病尸。即使想快速的把尸体埋进土里，但谁去埋，谁马上也会得病，因而没有人敢去埋死人，只能任凭臭气冲天。在城河里，漂浮着的尸体互相连接，有三里光景。尸体上生满了蛆，只要有船经过，这些蛆就会爬上船沿，吓得船只不敢通航。城里的水井和近城的河流湖泊，都开始发臭混浊，人如果一吃这水就会染疫，所以也没有人敢吃。

江苏瘟疫

同治元年夏天，苏南地区先是连续干旱，棉花种了二十余日不出籽，河水干涸，水稻无法插秧，米价昂贵，到处是一片烟火萧条、饥民嗷嗷的景象。六七月间，疾疫开始流行。《漏网喁鱼集》在六月二十七日条下对当时的疫疾记录颇详：“时疫流行，名子午痧，朝发夕死。上海极重，渐延太(仓)境，吾方(常熟)间也有之。”上海疫情最为严重，然后向西蔓延，太仓、常熟也有不少人感染。当时常熟人龚又村在其《自怡日记》中记述了一个月后常熟疫病流传的情况时说：“夏秋以来，无家不病，病必数人，数人中必有一二莫救者。”常熟的疫病全面的流传了开来，染病十分普遍，但很多人被救活了。又一个月后，龚又村又说：“知今秋无家不病，素衣盈途，与咸丰五年相仿。”咸丰五年(1855年)秋天，常熟疾疫流行，“死亡相继”，因此常熟人清晰的记住了七年以前的灾疫对人民生活的影响，想不到七年后，大疫再次袭来，几乎每家都有人得病，送葬队伍络绎不绝。吴江城乡都有疫病死人的记录。吴江人也认为这病是从上海传入的，“名吊脚痧，无方可治”，在医学上一时找不到应急的办法。松江城内自七月开始也流行瘟疫，不久还伴随有大规模的痢疾发生，得病之人十死八九，时人谈到十室之中仅一二家才幸免不病。松江城中一天之内总有十数人死去，甚至有一家之中连死三四人的，城内棺材全部被卖空。苏南西部的南京，所得疫病似乎不是从上海流传过去的。当时南京为清军包围，城外攻得紧，城内守得固。围城的湘军曾国荃部，染疾者甚众，从七月开始出现疾疫。至闰八月仍未停息，军官加上士兵，共死了超过万人。清军疾疫大作，“将士死亡山积，几不能军”。数年后，曾国藩仍难以忘记当时的疾疫大作：“我军薄雨花台，未几疾疫大行，兄疫而弟染，朝笑而夕僵，十幕而五常炊。’一夫暴毙，数人送葬，比其反而半碚于途。”疫病传染之快、为害之大，由此可见一斑。

浙江瘟疫

同治元年五月的浙北地区已“亢旱月余”，每年必下的黄梅雨不知跑到哪儿去了。河中水位下降，农田里抽不到水。但六月时，大雨不绝，水淹成灾。如绍兴，大水平地高四尺，因而米价腾贵，到处都是无饭可吃的饥民，每天饿死数百人。不久，饥民中又流行疾疫。至七月，疾疫大作，农民们又饥又饿，病死的人不计其数。嘉兴出现了又吐又泻的疫病，得病者不到一日一夜就不治身亡。处州得瘟疫的人，“死者累累”。闰八月，驻扎在梅宁的太平军也感染上了瘟疫，“疮痍及瘟疫大发”，死去的人难以数清，军力大损。

直隶瘟疫

除皖、苏、浙外，这一年全国许多地方都有重大灾疫流行。月初，直隶省出现了疫病。疫病传播的线路自奉天传人大沽、于家堡一带，五月底传人天津，六月上旬，天津发病進人高峰。有一个村庄共600余户人家，死者有40多人。约至六月十三、十四日．才开始渐渐停息。此后，疫病又向南、向西蔓延。河北某地有一个和尚搜集了许多药草治病，很有效果。消息传出后，附近州县百姓纷纷前往就诊，每日前去的病人有万人。通州、涿州是疫病严重的地区，到处都可听到死去人的哭声。不久，时人称为转筋痧的疫病传至京师，造成京师一片恐慌。

其它省份的瘟疫

山东个别地区也出现了疫情，文登县在这年秋天，疠疫大作，死了许多百姓。贵州的天柱县也是瘟疫大爆发，十死八九，到处可见在埋死尸。河南省的正阳县，自这年的三月就出现瘟疫，持续长达四月之久，凡被传染上的大半都不治身亡，直至七月间染病的人才开始减少。云南西部的永昌府，由于战争，社会秩序不稳，至四月间出现饥荒，人相食，死者枕藉，不久瘟疫流传，尸骸遍野。其他如陕西华州，这年七月也出现疾疫。

参考资料：《三千年疫情》