事实上，早期关于那吒的传说却源于印度的佛教。在佛教故事中，那吒乃是毗沙门天王的儿子，是佛教的护法神。毗沙门天王常常托塔而立，侍奉在佛祖的身旁。唐朝玄宗年间，在玄宗的推崇下，毗沙门天王和其子那吒在中土的声名大振，逐渐为人们所熟悉，有关的民间传说逐渐多了起来。

宋代《高僧传》中曾记载高僧道宣夜行时突然跌倒，有一个少年将他扶了起来。道宣问少年是何人，少年回答说自己是毗沙门天王的儿子那吒，因为是护法神，所以看护道宣很长时间了。那吒还将一颗佛牙献给了道宣。据说就是如今的崇圣寺中的佛牙。宋代传说中的那吒已经是“三头六臂”的形象。

宋代之后，毗沙门天王在中国民间传说中逐渐中国化，到明代时，毗沙门天王突然变成了托塔天王李靖，那吒则成了李靖的三太子，属玉皇大帝统领。这期间的演变过程尚不十分清楚。《三教源流搜神大全》说：“那吒本是玉皇大帝驾前的大罗仙，身长六丈，首带金轮，三头九眼六臂，口吐青云，足踏盘石……因人间多魔王，玉帝命其下凡，托胎在托塔天王李靖的家中。他出生五日后，在东海游玩，惹恼了龙王。龙王非常生气，就向他索战。那吒杀死了龙王的太子。龙王无奈决定向玉帝告状。那吒知道后，就挡在天门前，无意射死了石记娘娘的儿子。石记兴兵，那吒再次迎战。那吒的父亲李靖非常生气，责怪其到处惹祸。为了不牵连父母，那吒便剖腹、剜肠、剔肉还给父母后死去，其魂魄飞向佛祖。佛祖因为其能降魔的原因，遂通过法力，使其借助莲花为身复活，然后授其本事。从此后，地上诸魔都为那吒所降伏。后来玉帝封他为天帅元领袖，永镇天门。”《西游记》中的描述基本取自于此。