神祗神农为了解决这两个问题，开始進山遍尝百草。《史记•补三皇本纪》记载道：“神农氏作蜡祭，以赭鞭鞭草木，尝百草，始有医药”。据说当神农在深山遇到茂盛的草木时，就用神鞭抽打，直到打出津液；然后他再亲口尝一尝，便可知道其性味。

四川民间一直有这样的传说，说神农尝百草，尝到一种断肠草，因此死掉。其传说在《淮南子•修务训》也可以找到佐证，书中记述道：“神农尝百草之滋味，一日而遇七十毒”。

《黑暗传》中亦明确写道：“神农尝草遇毒药，腹中疼痛不安宁，急速尝服解毒药，识破七十二毒神。要害神农有道君，神农判出众姓名，七十二七逃了生，三十六种还阳草，神农采回救黎民，毒神逃進深山林。至今良药平地广，毒药平地果然稀……”。可以想见，当时的神农氏为了寻找到可以食用的食物和草药，以進行人工种植，冒着中毒的危险，尝了无数种花草果实。因为神农氏是水晶肚子，所以可以看到药是如何起作用的，所以才能迅速化解药毒。

最终神农氏终于找出了那些可以吃和不可以吃的物种，以及哪些物种可以作为药物。其中上等药一百二十种，可以养生，食之延年益寿；中等药一百二十种，可以养性，食之补虚助气；下等药一百二十五种，可以治病。神农氏来到人世间为中国人建立起了相当完整的医药基础，后世几千年来中药的发展，事实上，都是建立在神农本草的基础上。因此，神农氏还被尊为中国的医药之祖，民间称之为“药王菩萨”。