明正德年间太监于径看中了这块风水宝地，大兴土木，为第一次扩建，并在寺后为自己修建坟墓。嘉靖初年于径获罪，不能在此处葬身。天启年间太监魏忠贤又扩建庙宇，再次建坟，准备死后葬此。崇祯初年，魏忠贤自缢后被戮尸，也不能再葬于此。魏忠贤的党羽葛九思，1644年随清军入京，将魏之衣冠葬在墓中，成为魏的衣冠冢。直到康熙四十年(1704)，江南道监察御史奉命巡视西山时，初以为是前朝皇帝陵寝，后来知道是魏坟，遂于五月十二日上奏，二十二日诏平其坟。乾隆十三年(1748)，对寺宇重加修葺，新建了行宫和罗汉堂，并按西僧所贡奉的图样，建起了金刚宝座塔，碧云寺基本定局。

碧云寺金刚宝座式塔(国学网图片)

全寺依山而建，山顶上全寺的最高处，是一座全国现存最高的金刚宝座塔，建于清乾隆十三年（公元1748年），高34.70米，全部用汉白玉石建造。在蓝天映衬下，洁白高大的金刚宝座式塔，借地势之地利，更显得巍峨庄严。

高大的台座南面正中，辟拱券门一道。门内分三个券门，两侧券门分建石梯，可直达座顶。台座上建有五塔，中塔较为高大，四角塔较为矮小，均为方形的十三层密檐式塔。在基台顶部前面正中，还建有一座小型的金刚宝座塔。这在全国现存的此类古塔中罕见的。而且，大的基座上除五座密檐式塔外，还在小金刚宝座塔两旁，建有两座喇嘛塔，仿佛大塔的前哨和小塔的护卫一般。因此这做金刚宝座式塔在同类塔中造型最多变，层次最丰富。